Селекционный центр ФГБНУ ВНИИКХ — ведущее подразделение Института. Цель Селекционного центра — создание сортов картофеля, адаптированных к различным экологическим условиям, обладающих комплексом хозяйственно ценных признаков: высокой продуктивностью, устойчивостью к грибным, бактериальным, вирусным болезням, картофельной цистообразующей нематоде, абиотическим факторам среды, высокой пригодностью к переработке, вкусовыми качествами, высокой сохранностью в зимний период.

За период деятельности Института реализовывались следующие направления селекции:

1960 – 1969 гг. — устойчивость к «болезням вырождения» (столовые и технические сорта картофеля);

1970 – 1979 гг. — устойчивость к вирусным болезням, ракоустойчивость, селекция сортов раннего срока созревания (столовых, технических и сортов для промпереработки)

1980 – 1989 гг.- устойчивость к вирусным болезням, фитофторозу, золотистой цистообразующей нематоде (Ro 1)), селекция сортов от очень раннего до раннего срока созревания, урожайность, устойчивость к механическим повреждениям (столовые универсальные сорта)
1990 – 1999 гг. — комплексный подход в селекции столовых сортов, возобновление селекции технических и сортов для промпереработки.
с 2000 г. — селекция сортов для переработки на картофелепродукты (хрустящий картофель, фри, сухое пюре), столовые сорта раннего сроков созревания и для длительного хранения,
столовые сорта для диетического (здорового) питания.
В соответствии с реализуемыми направлениями селекции, сотрудниками ФГБНУ ВНИИКХ были разработаны требования к новым сортам картофеля. К ним обносятся:
— Отличные и хорошие вкусовые и столовые качества клубней.
— Высокие качество и товарность продукции на рынке сбыта.
— Красивый внешний вид клубней.
— Высокая устойчивость к механическим повреждениям при уборке, сортировке, мойке и упаковке.
— Продолжительность вегетационного периода, сроки созревания.
— Хорошая лежкость клубней в период зимнего хранения.
— Высокая адаптационная способность или экологическая приспособляемость.
— Широкий спектр устойчивости к возбудителям болезней и вредителям.
Указанные требования неукоснительно реализуются в рамках селекционной работы.
Одновременно Селекционным центром ФГБНУ ВНИИКХ реализуется стратегия поддерживающей селекции. Переход к ней обусловлен следующими факторами:
— Ухудшение фитосанитарной ситуации из-за увеличение площадей под товарным
картофелем в большинстве регионов России.
— Трудности с соблюдением стандартов на качество и удорожание производства
высококачественного семенного картофеля.
— Отсутствие пространственной изоляции питомников оригинального семенного
картофеля от производственных посадок.
— Возрастающие требования товаропроизводителей к качеству семенного материала.
В настоящее время ФГБНУ ВНИИКХ — это ведущий селекционный центр Российской Федерации, предоставляющий весь комплекс услуг по селекции новых сортов картофеля.